Program ini bertujuan membangun kemandirian masyarakat sipil, khususnya komunitas sipil marginal, dalam sistem sosial dan politik melalui berbagai aktivitas kunci seperti pendampingan masyarakat, peningkatan kapasitas, dan dialog.
Desantara memiliki rekam jejak cukup panjang di bidang ini. Sejak awal berdiri, Lembaga ini melakukan berbagai aktivitas pendampingan komunitas agama, lokal, dan adat melalui pendekatan kebudayaan. Beberapa di antaranya mendampingi komunitas Bissu di Sulawesi Selatan (2002-2005), Komunitas Kendeng di Jawa tengah (2004-2005), Komunitas Dayak Kenyah Lepoq di Kalimantan Timur (2017-2018). Desantara juga menyelenggarakan Sekolah Emansipatoris, Kritik Wacana agama (2002-2005) bagi pegiat muda kebudayaan dan aktivis organisasi masyarakat sipil.