Program ini bertujuan untuk mengembangkan pengetahuan terkait agama dan kebudayaan yang dapat menjadi bukan hanya dasar gerakan masyarakat sipil, khususnya komunitas sipil marjinal, tapi juga publik luas untuk mendukung pemandirian dan penguatan masyarakat. Program ini dilaksanakan melalui berbagai aktivitas penelitian, diskusi publik, dialog, pengembangan media.
Di masa-masa awal Desantara, Lembaga ini mengembangkan serial Rethinking Indonesia. Di masa-masa selanjutnya, Desantara menajalankan Halaqah Kebudayaan (2001-2006)